Smješten u feudalnom Japanu iz 16. stoljeća, u Shōgunu glumi Hiroyuki Sanada kao lord Yoshii Toranaga, koji svjedoči kako građanski rat poprima oblik dok se Japanci počinju sukobljavati s Europljanima – a njemu se predstavlja malo vjerojatan savez koji bi mogao prevagnuti u njegovu korist. Spojna nit između japanskih i europskih revolucionara bit će Toda Mariko (Anna Sawai), žena uhvaćena između svojih vjerskih uvjerenja i nasljeđa njene osramoćene obitelji.